Barandiaran var borgmästaren för radikala Euskal Herritarrok (Batasuna) mellan 1999 och 2003 och anklagas för direkt samröre med ETA. Under hans borgmästartid levde oppositionen under ständiga hot och två personer dödades av ETA. De var dels journalisten José Luís López de Lacalle (7 maj 2000) samt chefen för lokalpolisen Joseba Pagazaurtundua (8 februari 2003).

Inget av dåden fördömdes av den dåvarande borgmästaren i Andoain.