Trots att socialistregeringen upprepade gånger förkunnat att alla kontakter med ETA upphörde sedan de bröt sin vapenvila genom sprängdådet, fortsatta samtalen i hemlighet. Det framgår av mötesprotokoll som beslagtagits vid tillslag mot ETA och som publicerats i flera spanska medier. Tre månader efter attentatet vid Barajas valde Zapateros regering att återuppta samtalen, samtidigt som den betonade att de skulle hållas hemliga. Uppgifterna har indirekt bekräftats av några av regeringens representanter vid samtalen.

Avslöjandet har fått Partido Popular på krigsstigen. Det ledande oppositionspartiet kräver åter inrikesministern Alfredo Pérez Rubalcabas avgång. Han har länge vart hårt ansatt av PP för misstankarna om att inrikesdepartementet varskott ETA om ett förestående tillslag. PP:s kampanj mot Rubalcaba tros i sin tur grunda sig i att han ses som den trolige efterträdaren till Zapatero inför nästa års parlamentsval.