Beslutet togs av förundersökningsdomaren Juan del Olmo. De tre har anknytning till den misstänkte ledaren för terrorkommandot, Jamal Zougam, som sitter kvar i häkte.
De frisläppta misstänktes av polisen för direkt inblandning i attentaten 11 mars. Bland annat har vissa ögonvittnen pekat ut dem.