Den baskiska regionalsdomstolen förhörde Ibarretxe med anledning av det möte som han i april 2006 höll med representanter för det förbjudna partiet Batasuna. Ibarretxe försvarade sitt agerande och sade att han kommer att föra samtal med alla parter som krävs, för att nå en varaktig fred i Baskien.

Samtliga medlemmar av den baskiska regionalregeringen följde Ibarretxe till domstolsbyggnaden Efteråt sade den baskiske regionalpresidenten att ”endast i ett land med dårar” kan en politisk ledare åtalas för att han samtalar med någon.