Javier miste sin tvillingbror Ricardo och var nära att själv stryka med när bägge mejades ned av en bil under träning på Cártamavägen. Olyckan inträffade 15 februari 2001. Javier var länge medvetslös och fick långt senare veta att hans bror dödats vid olyckan.

Drygt tre år efter olyckan kliver han upp inte bara en, utan två gånger på den olympiska prispallen. Först tog han silver i tre kilometer bancykel och kulminerade det hela med guld i tempoloppet.