Regeringens senaste reform som trädde i kraft 15 mars inskränker Audiencia Nacionals befogenheter, men Pedraz vägrar åtlydda direktiven. Enligt domaren strider reformen mot Génèvekonventionen, som undertecknats av Spanien. Ytterligare ett dussintal utredningar gällande bland annat folkmord i Tibet och tidigare Spanska Sahara påverkas av regeringens initiativ.

Pedraz har utrett mordet på José Couso sedan kameramannens familj anmälde det 2003. Domaren har själv rest till Bagdad för att studera området där en amerikanska pansarbil sköt mot Hotel Palestina, där den internationella presskåren befann sig och där Couso dödades när han filmade USA:s invasion av Irak.