Nationalparken lider av allvarlig vattenbrist och många av våtmarkerna som normalt utgör häckningsplatser för bland annat tusentals flamingos är uttorkade. Orsaken är delvis klimatförändringarna, men också att intensivjordbruk i ett flertal angränsande kommuner brukar källvatten för bevattning.

Redan 2021 kritiserade EU-kommissionen en motion i det andalusiska regionparlamentet som banar väg för nya bevattningstillstånd, trots att de redan befintliga befinns tömma vattenresurserna i Coto de Doñana. Regionstyret förnekar att bevattningarna skulle påverka grundvattennivån vid nationalparken och skyller det nya tillrättavisandet från EU på att det spanska energi- och miljödepartementet inte informerat EU-myndigheterna korrekt om situationen.

Regeringen opponerar sig mot en utvidgning av intensivodlingarna intill Coto de Doñana, något som lett till att Partido Popular fick överlägset flest röster i de fem påverkade kommunerna i området i regionvalet förra året. Det skriver tidningen El Confidencial.