Rajoy, som var regeringschef i Spanien 2011–2018, nekade till att ha haft någon kännedom om operationen eller om spionage mot Podemos. Han hävdade att han är en demokrat och att hans regering aldrig skulle ha beordrat något sådant. Rajoy avfärdade dessutom förekomsten av en så kallad ”patriotisk polis”, en påstådd hemlig polisenhet som ska ha använts för politiska syften.

Även den tidigare inrikesministern Fernández Díaz förnekade anklagelserna, liksom att han någonsin skulle ha träffat den beryktade kommissarien José Manuel Villarejo. Detta trots inspelningar som antyder motsatsen. I en av inspelningarna hörs han diskutera ”Operation Katalonien” och uttala: "Jag kommer förneka under tortyr att detta möte har ägt rum". Fernández Díaz hävdade i sitt försvar att inspelningarna kan vara manipulerade med hjälp av artificiell intelligens och beskrev anklagelserna som ogrundade.