Tidningen El País citerar anonyma källor inom CNI som försvarar underrättelsetjänstens agerande, efter att en kanadensisk rapport uppgivit att mer än 60 personer i den katalanska självständighetsrörelsen skulle ha blivit spionerade med hjälp av ett virusprogram kallat Pegasus, som tar kontroll över mobilen. Källorna förnekar inte att övervakning skett och att CNI har Pegasus till sitt förfogande, men bevakningen uppges ha varit individuell, begränsad och godkänd av behörig domare i Högsta domstolen. Dessutom ska inga offentliga mobiltelefoner ha infekterats.

Sedan 2015 har säkerhetstjänsten särskild behörighet att övervaka händelser som kan befinnas hota landets inre stabilitet. Det är under samma period som virusprogrammet Pegasus ska ha införskaffats från Israel. Den motivering som givits till El País för bruket av spionprogrammet, framför ordinarie avlyssning, är att Pegasus även möjliggör avlyssning när användaren befinner sig utomlands samt att det kan följa kommunikation på sociala appar. Detta skulle enligt uppgift ha möjliggjort gripandet av den flyende före detta katalanske regionalpresidenten Carles Puigdemont, i Tyskland i mars 2018.

Uppgifterna som Publiceras av El País antyder att bevakningen av separatistledarna inleddes under den tidigare PP-regeringen. Den nuvarande socialistregeringen har lovat de katalanska myndigheterna en granskning av spionskandalen, även om all rapportering kommer att ske i parlamentets särskilda utskott för statshemligheter.